Anatomie d'un fichier OCT

Le numéro précédent posait le problème de loin. Celui-ci met les mains dans le fichier. On prend un DICOM d'OCT, on l'ouvre avec pydicom, et on regarde ce qu'il y a dedans — vraiment.

Un fichier OCT n'est pas « une image »

C'est le premier malentendu. Quand on dit « l'OCT », on pense à la belle coupe rétinienne en fausses couleurs affichée sur la console. Mais le fichier, lui, contient une pile de choses très hétérogènes :

• un volume de coupes (les B-scans), souvent en niveaux de gris bruts ;
• une ou plusieurs images de référence (fond d'œil, SLO) pour situer les coupes ;
• des métadonnées d'acquisition : appareil, date, œil (OD/OG), protocole ;
• parfois des cartes d'épaisseur déjà calculées par la machine ;
• et beaucoup de champs privés, propres au constructeur.

La coupe colorée que voit le clinicien ? Souvent, elle n'est pas dans le fichier. Elle est reconstruite à l'affichage. Ce que vous exportez, c'est la matière brute — ou un sous-ensemble choisi par le constructeur.

Lire les métadonnées avec pydicom

Voici le cœur de ce qu'on veut extraire d'un fichier, sans rien afficher d'image :

import pydicom

ds = pydicom.dcmread("opt_sample.dcm")

print(ds.Modality)            # OPT pour un OCT
print(ds.Manufacturer)        # le constructeur
print(ds.get("Laterality"))   # OD / OS — œil examiné
print(ds.Rows, ds.Columns)    # dimensions d'une coupe
print(ds.get("NumberOfFrames"))  # nombre de B-scans

En quelques lignes, on sait de quelle machine vient le fichier, quel œil, combien de coupes. C'est déjà plus que ce que la plupart des logiciels métier savent afficher.

Ce que le fichier perd

Le point qui devrait tous nous inquiéter : l'export ne préserve pas tout. Selon le constructeur et l'option d'export choisie, vous pouvez perdre :

• le volume brut (il ne reste qu'une coupe « représentative ») ;
• la segmentation des couches (elle vit dans un champ privé illisible ailleurs) ;
• la calibration axiale qui rend les mesures comparables.

Un fichier peut donc être conforme DICOM, s'ouvrir sans erreur, et être cliniquement appauvri. C'est exactement le niveau 2 (« le format ») évoqué au numéro 1.

L'outil de ce numéro

Le script oct_extract.py ci-dessous fait ce travail proprement : il lit un .dcm d'OCT, en extrait les métadonnées utiles et les écrit dans un CSV/XLSX exploitable. C'est le premier outil de la boîte à outils AMACRIN — brut, honnête, réutilisable.

Au prochain numéro : on compare ce que quatre constructeurs acceptent réellement d'exporter.