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oct_extract.py — décorticage

Ce que fait le script d'extraction de métadonnées OCT, ligne par ligne : ouverture du DICOM avec pydicom, tri des tags standard et privés, export en JSON.

  • DICOM
  • pydicom
  • OCT
  • Python

oct_extract.py est un petit utilitaire en ligne de commande : on lui passe un fichier DICOM d'OCT, il en ressort les métadonnées lisibles dans un JSON propre. Rien de magique — mais assez pour comprendre ce qu'un appareil accepte vraiment d'exporter.

Ce que fait le script

En trois temps :

  1. Ouverture. pydicom.dcmread() lit le fichier sans charger les pixels (stop_before_pixels=True) : on ne veut que l'en-tête.
  2. Tri. On parcourt le dataset et on sépare les tags standard (nommés) des tags privés (propres au constructeur), souvent les plus intéressants.
  3. Export. On sérialise en JSON, en convertissant les types DICOM (dates, nombres, séquences) en valeurs Python simples.

Usage

python oct_extract.py mon_fichier.dcm > metadata.json

Le script est volontairement sans dépendance autre que pydicom. Il ne modifie jamais le fichier d'entrée.

Les pièges

  • Certains constructeurs rangent l'œil (OD/OG) ou la date d'acquisition dans un tag privé : sans le dictionnaire du constructeur, on ne voit qu'un identifiant numérique.
  • Les séquences imbriquées (par ex. les données de segmentation) peuvent être volumineuses ; le script les résume plutôt que de les déplier entièrement.

Pour aller plus loin

Une fois les métadonnées sous les yeux, la question devient : qu'est-ce qui manque ? C'est là que commence le vrai travail d'interopérabilité.

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